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Rileva la cistite più velocemente con Metagenomics

La tecnica della metagenomica è adatta per rilevare il DNA di microrganismi presenti in un campione grezzo (urina) prelevato dal paziente. I ricercatori stanno ora cercando di utilizzare questa tecnica nella pratica quotidiana per diagnosticare la cistite. È già stato dimostrato che questo funziona meglio nelle malattie infettive. essi le scoperte nei giorni scorsi pubblicato Nel Microbo Lancetta.

Puoi leggere i frammenti di DNA che sono stati trovati con un dispositivo speciale. Quindi li inserisci in un supercomputer, che confronta tutti i pezzi con una libreria contenente il DNA di tutti i tipi di microrganismi. Il DNA è smistato: questo è da questi batteri, cioè da quei batteri, ecc. In definitiva, puoi dire quale tipo di batteri è stato trovato dal DNA e come si relazionano tra loro”, afferma Victoria Janes, studentessa di dottorato e prima autrice dello studio.

Rilevazione di cistite

Gli scienziati che studiano il microbioma nel nostro intestino preferiscono la metagenomica. Questi sono tutti microrganismi come virus, batteri e parassiti insieme. La metagenomica viene utilizzata per creare profili del microbioma di soggetti sia malati che sani. Questi vengono poi confrontati tra loro.

“Cerchiamo di applicare la tecnologia per l’uso quotidiano. Questo è più facile con alcune malattie infettive rispetto ad altre. Abbiamo scelto di rilevare la cistite nelle urine perché è difficile da rilevare. Non solo devi sapere quali batteri sono presenti, ma anche quanti batteri”, dice Janes.

La metagenomica funziona meglio del test colturale

I ricercatori hanno già dimostrato che la tecnologia metagenomica per rilevare le infezioni della vescica funziona altrettanto bene del test colturale, che è ancora lo standard. Nel test colturale, l’urina del paziente viene coltivata. Quindi vengono esaminati i batteri che si moltiplicano. Di solito sono necessari da uno a tre giorni prima che i risultati del test colturale siano noti.

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Si prevede che il nuovo metodo, attraverso la genetica, sarà alla fine in grado di rilevare le infezioni della vescica in modo più rapido e accurato. Utilizzando questo metodo, è possibile determinare un risultato negativo entro un’ora. Un risultato positivo richiede solo un giorno.

Pro e contro

La velocità con cui può essere diagnosticata un’infezione della vescica è ovviamente un enorme vantaggio. Ciò consente al medico di iniziare il trattamento precocemente. Un altro vantaggio è che il test colturale a volte dà un risultato negativo, anche se il paziente ha ancora dei disturbi. Uno dei motivi potrebbe essere che al paziente sono già stati somministrati antibiotici prima della raccolta delle urine. I batteri sono già stati uccisi, in modo che non crescano più sul piatto di coltura. Utilizzando la metagenomica, in questi casi si può anche dimostrare l’infiammazione, poiché consente anche di tracciare il DNA dei batteri morti.

Un altro vantaggio è il fatto che la nuova tecnologia guarda non solo al tipo di batteri, ma anche alle caratteristiche attraverso il loro DNA. In questo modo puoi vedere quanto è resistente: alcuni antibiotici non hanno alcun effetto sui batteri, quindi devi prescrivere altri antibiotici. Di conseguenza, puoi anche prescrivere antibiotici più specifici, quindi non devi usare spesso agenti ad azione ampia”, afferma Janes.

Tuttavia, c’è anche uno svantaggio. I costi di implementazione di questa tecnologia sono relativamente elevati. Questo può ostacolare l’attuazione nella pratica quotidiana come alternativa ai test culturali. Ma il prezzo della metagenomica è in calo. Questo calo dovrebbe continuare per un po’ di tempo”.

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