Rilevazione di virus patogeni da infezioni fraintese mediante metagenomica

Fatti medici editoriali / Janine Budding 16 maggio 2023 – 23:35

Non solo le cellule del nostro corpo ospitano il nostro materiale genetico, ma anche i virus che hanno invaso. Analizzando questo metagenoma completo, è possibile determinare la causa del virus. LUMC è il primo nei Paesi Bassi ad avere un laboratorio specializzato che esegue analisi così complesse nel contesto della cura del paziente. Ellen Carbo ha sviluppato ulteriormente questa tecnica. Riceverà il suo dottorato di ricerca su questo argomento il 17 maggio.

Ellen Karbo e Guti de Vries

Nei pazienti con un’infezione grave, è importante identificare il colpevole per poter iniziare un trattamento adeguato. Gli ospedali utilizzano test standard per determinare se si tratta di un’infezione batterica o virale. Ma capita spesso che non si trovi mai. Jutte de Vries di LUMC ha collaborato con microbiologi medici e scienziati di bioinformatica per creare un metodo per rilevare simultaneamente tutti i potenziali virus, compresi i nuovi virus. È virologa clinica presso il Dipartimento di microbiologia medica e professore associato presso il Leiden University Center for Infectious Diseases (LU-CID). Insieme alla dottoranda e biologa molecolare/scienziata in bioinformatica Ellen Karbo, ha migliorato questa tecnica e l’ha resa adatta alla diagnosi del paziente.

Software di rilevamento virus

De Vries e Carbo usano i metagenomi dei pazienti estratti dal sangue o dal liquido cerebrospinale, per esempio, a seconda del quadro clinico. Quindi questo metagenoma consiste non solo del materiale genetico del paziente, ma anche dei batteri e dei virus che qualcuno porta con sé. Carbo: “Se inizi a sequenziare l’intero metagenoma, dove identifichiamo la sequenza nucleotidica del DNA, puoi anche ottenere tutte le informazioni sui virus là fuori. Utilizziamo il software esistente per rilevare i virus. Questo confonde i pezzi di DNA di un campione di un paziente e indica a quale tipo di virus appartiene da un database di tutti i virus umani e animali. A una concentrazione più elevata, sai che il virus si sta moltiplicando vigorosamente in quel momento e quindi può essere la causa dell’infezione. De Vries sottolinea che questa tecnologia è stata ulteriormente migliorata e resa più sensibile. Non vuoi avere falsi negativi e falsi positivi. Il test ora fornisce un livello di confidenza dal 90 al 95 percento.

Campioni da casa e all’estero

Gli ospedali ora sanno dove trovare il LUMC Experience Lab. Campioni di pazienti provenienti dai Paesi Bassi e dall’estero vengono regolarmente a Leida per controllare il metagenoma e identificare il virus in caso di incomprensione dell’infezione. De Vries afferma che il test ora viene utilizzato solo in quei casi. Questa tecnica è ancora troppo costosa per essere applicata in una fase precoce della diagnosi. Ma se diventa più economico e il test viene ulteriormente sviluppato – lo facciamo in collaborazione con la rete di sequenziamento all’interno della Società europea di virologia clinica, di cui LUMC è la forza trainante – posso immaginare che questo diventerà più accessibile in futuro. A volte i test standard richiedono ai pazienti di sottoporsi a molti test e l’agente patogeno non viene mai trovato. Il nostro test fornisce una risposta definitiva, anche sui nuovi virus.

Fonte: LUMC

Fatti medici editoriali / Janine Budding

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Ho studiato fisioterapia e gestione aziendale sanitaria. Sono anche un addetto all’assistenza clienti freelance registrato e un broker di assistenza occasionale. Ho molta esperienza in varie posizioni nel settore sanitario, sociale, medico e farmaceutico sia a livello nazionale che internazionale. Hanno una vasta conoscenza medica della maggior parte delle specialità sanitarie. e le leggi sull’assistenza in base alle quali l’assistenza è regolata e finanziata. Ogni anno partecipo alla maggior parte delle principali conferenze mediche in Europa e in America per mantenere aggiornate le mie conoscenze e tenermi al passo con gli ultimi sviluppi e innovazioni. Attualmente sto frequentando un master in Psicologia Applicata.

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